穆罕默德·阿里·帕夏——许多人认为他是现代埃及之父,因为他进行了大量持久的现代改革——于1830年下令建造这座清真寺,以纪念他的儿子。建设花了20多年时间。它最初的目的是作为一个新的准独立的埃及国家的国家清真寺。今天,无论从哪个方向接近开罗,它都是最早能看到的建筑之一。
这座清真寺在某种程度上代表了穆罕默德·阿里对在他之前的埃及马穆鲁克统治者和文化统治的谴责。阿里是奥斯曼帝国的阿尔巴尼亚裔军队指挥官,在选择清真寺的设计时,他采用了该国前帝国统治者的建筑风格,这是马穆鲁克家族所避免的。据说,这位建筑师将伊斯坦布尔的苏丹艾哈迈德清真寺作为他的设计模型。阿里下令将清真寺建在马穆鲁克建筑的旧址上,他曾在当时有700年历史的萨拉丁城堡内将马穆鲁克建筑夷为平地,俯瞰开罗。(阿里后来以庆祝的名义邀请马穆鲁克剩余的领导层到城堡,然后在到达时将他们全部屠杀。)
1899年,这座清真寺开始出现严重年久失修的迹象,但直到1931年才开始全面翻修,直到1939年穆罕默德·阿里的第九任、倒数第二位继承人法鲁克一世(King Faoruk I)统治期间才完成。
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