埃及的第一座清真寺是以阿拉伯将军阿姆鲁·伊本·阿斯的名字命名的,他是先知穆罕默德的同时代人,在公元640年代表蓬勃发展的伊斯兰帝国征服了埃及的罗马统治者。第一个建筑始建于公元641年。
传说,当阿姆鲁·伊本·阿斯准备战斗时,一只鸽子在他的帐篷里下了一个蛋。当他胜利归来时,这颗蛋被认为是好运的预兆,所以在蛋下蛋的地方周围建起了一座城市(Fustat),清真寺也是蛋下蛋的中心。
最初的结构是由木头、石头和泥砖建造的。现存结构中最古老的部分是一些门框,据信是在公元827年左右添加的。这座清真寺被夷为平地,重建,并修复了几次,其中一个著名的例子是在1169年埃及大臣沙瓦尔下令将整个城市烧毁,以防止十字军占领它。著名的阿拉伯将军萨拉丁在击败十字军后,于1179年重建了清真寺。
这座清真寺仍然是一个活跃的礼拜场所。