这座古老的科普特修道院始建于公元五世纪,据说在建成后的几十年里,就有4000名男女修士。修道院的圣谢诺特教堂以第二位方丈的名字命名,他使教堂大受欢迎,同时还制定了他那个时代最大的扫盲计划之一。在他的时代和之后建立的图书馆据说是基督教世界最大的图书馆之一。在阿拉伯占领之后,这些手稿或多或少消失了几个世纪,直到18世纪才开始被欧洲收藏家随机购买。
又过了100年,各种各样的收藏家才意识到他们收集的是这座不可思议的图书馆的碎片,学者们才开始把这些碎片重新拼在一起。
几个世纪以来,修道院多次遭到破坏和修复,包括在1798年被马穆鲁克烧毁,所以它现在的形式与以前不同。